Aufgrund ihrer Relevanz für die Therapiestratifizierung kommt der Qualität der prädiktiven molekularen Diagnostik eine besondere Bedeutung zu. Dies gilt nicht nur für die Reproduzierbarkeit und Spezifität der Diagnostik molekularer Aberrationen, sondern insbesondere auch für die Sensitivität. Für die Routinediagnostik stehen gerade bei Lungenkrebs häufig nur problematische Gewebeproben, wie z.B. Pleuraergüsse oder kleine transbronchiale Nadelbiopsien, zur Verfügung. Diese stellen insofern eine Herausforderung dar, weil an sehr kleinen Gewebe- und DNA-Mengen Multiplexanalysen mit hoher Sensitivität durchgeführt werden müssen. Multiple genomische Aberrationen müssen auch dann noch entdeckt werden können, wenn der Tumorzellgehalt unter 10% liegt. Auch die Spezifität stellt in Bezug auf Deaminierungsartefakte in Formalin-fixierten Paraffin-eingebetteten (FFPE) Proben eine Herausforderung dar.
In diesem Zusammenhang ist die Prozesskette aus optimierter Akquise von Biopsiematerial und pathologischer Aufarbeitung von besonderer Bedeutung. Um eine qualitätsgesicherte molekulare Testung zu gewährleisten, bedarf es hier eines strukturierten Vorgehens.
Aus diesen Gründen wird für die NGS-Plattformen des nNGM eine konsequente externe Qualitätssicherung etabliert, die die Konformität und Reproduzierbarkeit der Diagnostik sicherstellt. Zugleich müssen verbindlich Arbeitsabläufe etabliert und kontrolliert werden.
Die Task Force Qualitätssicherung der molekularen Diagnostik gewährleistet eine professionelle, zentrale QC-Struktur. Sie erarbeitet Standard Operating Procedures (SOPs) für die molekulare Diagnostik und überwacht deren Einhaltung an allen diagnostischen Standorten.
Außerdem hält sie engen Kontakt zu bestehenden Qualitätsinitiativen in der deutschen Pathologie. Sie definiert und organisiert Ringversuche. Diese Ringversuche werden verschiedene Dimensionen testen: Reproduzierbarkeit des Nachweises von Punktmutationen, Fusionen, Deletionen, Amplifikationen und Ermittlung von Sensitivität der Mutationsnachweise in den jeweiligen Laboratorien. Außerdem werden diese QC-Testungen parallel in unterschiedlichen Materialien durchgeführt (FFPE, Zytologien, Plasma).
Ziele
- Durchführung von regelmäßigen Workshops Qualitätssicherung der molekularen Diagnostik mit Vertretern aller teilnehmenden Zentren
- Regelmässige Überprüfung einer repräsentativen Zahl diagnostischer Fälle je Zentrum
- Ringversuchsbasierte Qualitätsprüfung der molekularen Diagnostik
- Bereitstellung von Rohdaten und Harmonisierung bioinformatischer Algorithmen in den Zentren
- Erarbeitung von SOPs für die Akquise, Asservierung, Bearbeitung und Analyse der Proben
